Tiden under og efter anden verdenskrig, udgør endnu et relativt sort kapitel i Ordenens historie. Netop grundet den lange historie og Ordenens dybe traditioner og loyalitet overfor Stormesterens segl gør, at der går længe - rigtig længe - inden man vælger at tage de drastiske skridt at stille Stormesteren til regnskab og sluttelig bryder med ham og hans selvbestaltede enevælde.

Siden tidernes morgen er Stormesteren altid blevet valgt ud fra medlemmernes midte og valgt af medlemmer. Sousa Fontes sidder denne tradition overhørig og trods det, at han kun har seglet i forvaring fra den legitimt valgte Stor Mester, så tilegner han sig dette og udråber sig selv som Stor Mester.

På relativ suspekt vis "overdrages" det ved hans død til sønnen, der den dag i dag kalder sig Prins Regent og Grand Master af OSMTH. (Dom Fernando Pinto Pereira de Sousa Fontes)

I 1996 stilles Sousa Fontes til regnskab for sine handlinger og sin forvaltning af Ordenens midler og i det forholdene på mange måder er totalt uacceptable og meget tvivlsomme, kommer det til et brud mellem Sousa Fontes og Ordenen. Sousa Fontes sættes fra bestallingen og der indsættes en ny ledelse og den traditionelle struktur og tradition genetableres.

Det er et hårdt slag for Ordenen og absolut ikke den løsning Storprioraterne håbede på - endsige ønskede. Men i det Sousa Fontes IKKE ville anerkende, at Stormesteren skal udtræde af medlemmernes midte ved demokratiske valg, samt ikke ville aflægge regnskab for forvaltning af Ordenen (ej heller dets økonomi), var der ikke noget andet valg.